Laboratorio de Genómica y Genética de Interacciones Biológicas (LG²IB)

El LG²IB fue fundado en 2018 con el objetivo de contribuir al entendimiento de fenómenos biológicos que subyacen la relación entre organismos vivos y su entorno, desde una perspectiva de investigación básica y con potenciales aplicaciones biotecnológicas. Se ha enfocado en estudiar la relación entre hospederos y sus patógenos intracelulares, como también el efecto de los nutrientes, fármacos y otros microorganismos (microbiota) sobre dicha relación.

Con el objetivo de contribuir al uso racional de antimicrobianos, nos hemos enfocado en identificar los procesos biológicos y rutas metabólicas del hospedero que son utilizados por los patógenos para desarrollar la infección, los cuales son posteriormente perturbados mediante estrategias nutricionales y/o farmacológicas no antibióticas, para inhibir dicha infección. Las aproximaciones experimentales para identificar de los procesos biológicos claves para el desarrollo de la infección se basan en análisis bioinformáticos de datos multiómicos asociados a la relación hospedero-patógeno, mientras que el impacto de los nutrientes y/o fármacos que perturban dichos procesos se evalúan mediante infecciones controladas in vitro y se validan en sistemas biológicos in vivo. Para esto se han implementado metodologías clásicas y modernas de microbiología, biología celular y biología molecular.

Integrantes

Coordinador

• Rodrigo Pulgar Tejo

Académicos

• Alejandro Acevedo y Luis Valenzuela (postdoctorados)

No académicos

• Madelaine Mejías
• Ignacio Chávez (asistentes de investigación)

Líneas de Investigación

• Estrategias genómicas y genéticas para el estudio de la relación hospedero-patógeno
• Efecto de los nutrientes y fármacos sobre la relación hospedero-patógeno
• Revisiones sistemáticas y meta-análisis de biodatos

Proyectos de Investigación

Revelando el paisaje de fosforilación de la interacción hospedero-patógeno entre Piscirickettsia salmonis y salmón del Atlántico. – ENLACE FONDECYT VID 2020, N° 989/2020

• Institución: Universidad de Chile (VID) 
• Periodo: 2021-2022

Análisis retrospectivo de pacientes con enfermedades metabólicas (EIM) y su proyección hacia un análisis genómico: Fenilcetonuria (PKU) como caso de estudio

• Institución: FIDA-Universidad de Chile (VID)
• Periodo: 2020-2021

Red para la investigación del veneno de serpiente: estrategias biotecnológicas para el desarrollo de la toxicología molecular y descubrimiento de fármacos

• Institución: Redes de investigación en biotecnología, convocatoria 2019, Programa de cooperación internacional. Conicyt Redbio0027
• Periodo: 2019-2021

Modulación de la inmunidad nutricional como estrategia de resistencia de salmones a la infección con Piscirickettsia salmonis

• Institución: Fondo de Inversión Estratégica-FIE. Ministerio de Economía, Fomento y Turismo. 201708070142
• Periodo: 2018-2019

SALmAB. Desarrollo de un test rápido de detección de Piscirickettsia salmonis a partir de anticuerpos monoclonales

• Institución: Nuclis de recerca industrial i desenvolupament experimental. Proyectos internacionales unilaterales, Barcelona-España. Resolución EMC/1615/2017
• Periodo: 2018-2020

Susceptibility of salmon macrophages to Piscirickettsia salmonis infection: effects of cholesterol availability and distribution

• Institución: Fondecyt de iniciación 11161083
• Periodo: 2016-2019

Selenosense (S3): Kit para la determinación del estatus plasmático de selenio en salmónidos

• Institución: FONDEF. VIU18P0144
• Periodo: 2018-2019

Sistema de Bio-Identificación Molecular de Microorganismos Contaminantes durante el proceso de elaboración del Vino

• Institución: INNOVA-CORFO 14IDL2-29912
• Periodo: 2015-2018

PCR multiplex en tiempo real para la detección, identificación y cuantificación de microorganismos contaminantes del vino

• Institución: Fundación COPEC-UC, 2014.R.297
• Periodo: 2014-2017

Artículos  

• Gaete A., Pulgar R., Maldonado J., Hodar C., Zamorano D., Pavez L, Pastenes C., Gonzalez M, Mandakovic M. Tomato cultivars with variable tolerances to water deficit differentially modulate the composition and interaction patterns of their rhizosphere microbial communities. Frontiers in Plant Science. IF: 4.402.
• Argüello G., Balboa E., Tapia P., Castro J., Yañez MJ., Mattar P., Pulgar R., Zanlungo S. Genistein Activates Transcription Factor EB and Corrects Niemann–Pick C Phenotype. Int. J. Mol. Sci. 2021. doi.org/10.3390/ijms22084220. IF: 4.556.
• Pérez-Valenzuela J., Madelaine M., Ortiz D., Salgado P., Montt L., Chávez-Báez i., Vera-Tamargo F., Mandakovic D., Wacyk J., Pulgar R*. Increased dietary availability of selenium in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) improves its plasma antioxidant capacity and resistance to infection with Piscirickettsia salmonis. Veterinary Research 2021. doi: 10.1186/s13567-021-00930-0. IF: 3.432.
• Caruffo M., Mandakovic D., Chávez-Báez I., Mejías M., Salgado P., Ortiz D., Montt L., Vera-Tamargo F., Perez-Valenzuela J., Yañez JM., Wacyk J., Pulgar R*Pharmacological iron-chelation as an assisted nutritional immunity strategy against Piscirickettsia salmonis infection. Veterinary Research 2020. 10.1186/s13567-020-00845-2. IF: 3.432.
• Mandakovic D., Pulgar R., Maldonado J., Mardones W., González M., Cubillos F., Cambiazo V. Fungal Diversity Analysis of Grape Musts from Central Valley-Chile and Characterization of Potential New Starter Cultures. Microorganisms 2020, 8, 956. doi.org/10.3390/microorganisms8060956. IF: 4.152.
• Vásquez-Dean J., Maza F., Morel I., Pulgar R., González M. Microbial communities from arid environments on a global scale. A systematic review. Biological Research, 2020. IF: 3.092.
• Caruffo M., Mandakovic D., Cabrera P, Pacheco I, Montt L, Chávez-Báez I, Mejías M, Vera-Tamargo F, Perez-Valenzuela J, Carrasco-Labra A, Pulgar R*. Insights into gene expression responses to infections in teleosts using microarray data: a systematic review. Reviews in Aquaculture, 2020. IF: 7.772.
• Donoso-Bustamante V., Borrego E., Schiaffino-Bustamante Y., Gutierrez D., Millas-Vargas JP., Fuentes-Retamal S., Correa P., Carrillo I., Aguilera R., Miranda D., Chávez-Báez I., Pulgar R., Varela-Ramirez A, Araya-Maturana R, Urra FA. An Acylhydroquinone Derivative Produces OXPHOS Uncoupling and Sensitization to BH3 Mimetic ABT-199 (Venetoclax) in Human Promyelocytic Leukemia Cells. Bioorganic Chemistry Journal, 2020. doi: 10.1016/j.bioorg.2020.103935 IF: 4.831.
• Aravena P., Pulgar R., Ortiz-Severin J., Maza F., Gaete A., Martinez S., Serón E., González M., Cambiazo V. PCR-RFLP Detection and Genogroup Identification of Piscirickettsia salmonis in Field Samples. Pathogens 9, 358; 2020. doi: 10.3390/pathogens9050358. IF: 3.018.
• Zuñiga A., Aravena A., Pulgar R., Travisany R., Ortiz-Severín J., Chávez F., Maass A., Gonzalez., M and Cambiazo V. Transcriptomic changes of Piscirickettsia salmonis during intracellular growth in a salmon macrophage-like cell line. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2020. DOI: 10.3389/fcimb.2019.00426. IF: 4.123.
• Yáñez JM., Yoshida G., Parra A., Correa K., Barría A, Bassini L., Christensen K., López M., Carvalheiro R., Lhorente JP., Pulgar R*. Comparative genomic analysis of three salmonid species identifies functional candidate genes involved in resistance to the intracellular bacteria Piscirickettsia salmonis. Frontiers in Genetics 10:665, 2019. DOI: 10.3389/fgene.2019.00665. IF: 3.258.
• Urra FA., Muñoz F., Córdova-Delgado M., Ramírez MP., Peña-Ahumada B., Ríos M., Cruz P., Ahumada-Castro U., Bustos G., Silva-Pavés E., Pulgar R., Morales D., Varela D., Millas-Vargas JP., Retamal E., Ramírez-Rodríguez O., Pessoa-Mahana H., Pavani M., Ferreira J., Cárdenas C., Araya-Maturana R. FR58P1a; a new uncoupler of OXPHOS that inhibits migration in triple-negative breast cancer cells via Sirt1/AMPK/β1-integrin pathway. Scientifics Reports 8(1):13190, 2018. DOI: 10.1038/s41598-018-31367-9. IF: 3.998.
• Mandakovic D., Maldonado J., Pulgar R., Cabrera P., Gaete A., Urtuvia V., Seeger M., Cambiazo V., González M. Microbiome analysis and bacterial isolation from Lejía Lake soil in Atacama Desert. Extremophiles 22(4):665-673, 2018. DOI: 10.1007/s00792-018-1027-6. IF: 2.462.
• Mandakovic D., Glasner B., Maldonado J., Aravena P., González M., Cambiazo V., 
• Pulgar R*. Genomic-based restriction enzyme selection for specific detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP. Frontiers in Microbiology 7:643, 2016. DOI: 10.3389/fmicb.2016.00643. IF: 4.235.

Red de colaboración externa

• Alfonso Carrasco Labra. Associate Professor. School of Dental Medicine. University of Pennsylvania, United States.
• Bertrand Collet. Senior Professor. National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRA) in Jouy-en-Josas, France.
• Dinka Mandakovic Seyler. Profesor asistente. Centro de Genómica, Ecología y Medio Ambiente, GEMA. Universidad Mayor, Chile.
• Ramiro Araya Maturana. Profesor titular. Instituto de Química de Recursos Naturales. Universidad de Talca, Chile.
• Félix Urra Faúndez. Profesor asistente. Instituto de Ciencias Biomédicas. Facultad de Medicina. Universidad de Chile, Chile.
• José Manuel Yáñez. Profesor titular. Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias. Universidad de Chile, Chile.
• Jurij Wacyk González. Profesor asociado. Facultad de Ciencias Agronómicas. Laboratorio de nutrición animal. Universidad de Chile, Chile.