Laboratorio de Inocuidad Microbiológica de los Alimentos y Microbiomas (LIMAM)

El Laboratorio de Inocuidad Microbiológica de los Alimentos y Microbiomas del INTA, (Ex Microbiología y probióticos) está ligado a la investigación científica, innovación y docencia desde hace 40 años, generando conocimiento y posicionándose como referente en el área de la Calidad e Inocuidad de los Alimentos en Chile.

Actualmente, el Laboratorio cuenta con 3 académicas, postdoctorados, tesistas de pregrado y postgrado, y personal de apoyo.

Ha obtenido, y posee actualmente, financiamiento público y privado, así como nacional e internacional.

El Laboratorio desarrolla diferentes líneas de investigación en el área de la Inocuidad microbiológica de los alimentos y Microbiota, se ofrecen servicios en el área de inocuidad microbiológica y sus integrantes participan activamente en docencia de postgrado, postítulo y extensión.

Integrantes

Coordinadora

• Angélica Reyes Jara

Académicos

• Paola Navarrete Wallace
• Magaly Toro Ibaceta

Postdoctorados

• Alejandro Acevedo
• María Soledad Gutiérrez

Profesionales

• Ninoska Cordero
• Enrique Zúñiga
• Leonela Díaz
• Ana María González
• María Elena Morales
• Patricia Adriazola
• Ángel Parra
• Máximo Coronado
• Camila Solar

Estudiantes

Doctorado

• Samira Reinoso, (Doctorado Acuicultura, U. de Chile, UCN y PUCV)
• Orlando Vargas (Doctorado en Nutrición y Alimentos)
• Sebastián Gutiérrez (Doctorado en Ciencias Silvoagropecuarias y Veterinarias, U. de Chile)

Magíster

• Doina Solís (Magíster en Cs. animales y veterinarias, FAVET, Universidad de Chile)
• María Florencia Salazar (Magíster en Nutrición y Alimentos, INTA, Universidad de Chile)
• Gilda Montenegro (Magíster en Nutrición y Alimentos, INTA, Universidad de Chile)
• María Belén Vargas (Magíster en Cs. animales y veterinarias, FAVET, Universidad de Chile)
• María Paz Arriagada (Magíster en Nutrición y Alimentos, INTA, Universidad de Chile)
• Valentina Ugarte (Magíster en Alimentos Mención Gestión, Calidad e Inocuidad. Fac de Cs. Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Chile)
• Adriana Ortiz (Magíster en Alimentos Mención Gestión, Calidad e Inocuidad. Fac de Cs. Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Chile)
• Mailyn Flores (Magíster en Nutrición y Alimentos, INTA, Universidad de Chile)

Pregrado

• Damaris Alvarado (Ing. en Biotecnología, Universidad Tecnológica Metropolitana)
• Catalina Jara (Ing. en Biotecnología, Universidad de Chile)
• Francisca Obreque (Medicina Veterinaria, Universidad de Chile)
• Francisca Cymbron (Ing. en Biotecnología, Universidad de Chile)
• Victoria Palma (Ing. en Biotecnología Molecular, Universidad de Chile)

Líneas de Investigación

Caracterización de Patógenos Transmitidos por alimentos y agua: Detección de microorganismos patógenos en alimentos y agua a través de métodos de cultivo de referencia y métodos moleculares. Caracterización de biopelículas de patógenos transmitidos por los alimentos. Resistencia a antimicrobianos en bacterias aisladas desde alimentos y agua. Determinación de la susceptibilidad bacteriana a agentes antimicrobianos.

Estudios Ómicos de Microorganismos asociados a la cadena alimentaria (Genómica, Metagenómica, Transcriptómica): Estudio de la respuesta transcripcional de Listeria monocytogenes en respuesta a condiciones de estrés. Tipificación genética, epidemiología molecular y genómica comparada de microorganismos asociados a alimentos mediante herramientas bioinformáticas.

Diseño de Métodos Moleculares para la Detección y/o Cuantificación de Microorganismos asociados a alimentos: Diseño y aplicación de metodologías moleculares para detectar patógenos en alimentos. Validación de nuevas metodologías frente a métodos de referencia. Diseño de PCR para la confirmación de microorganismos presentes en alimentos.

Estudios de Comunidades de Microorganismos y Probióticos Asociados a Microbiótica en humanos, animales y alimentos: Identificación de microbioma intestinal humano para estudios de intervención dietaria o estudios clínicos. Identificación de microbiota en alimentos para definición de denominación de origen, mejora de procesos de la elaboración de alimentos e identificación de nuevos potenciales probióticos. Aislamiento y selección de microorganismos (bacterias, levaduras) para su uso como probióticos. Estudio de la interacción hospedero-microbiota-probióticos-patógenos usando pez cebra (Danio rerio) como modelo. 

Efecto Antimicrobiano del Cobre y otros Compuestos en Diferentes Matrices: Efecto del cobre en la formación de biopelículas de microorganismos transmitidos por los alimentos. Evaluación del efecto antibacteriano de nuevas matrices para ser aplicadas a la industria de alimentos. Validación de prototipos con propiedades antimicrobianas frente a cepas bacterianas, levaduras y hongos. Estudio del efecto de nuevos productos sobre la capacidad de formación de biofilm de microorganismos patógenos transmitidos por los alimentos.

Calidad de Inocuidad en la Producción de Alimentos: Cumplimiento de buenas prácticas y su influencia en la calidad microbiológica en la producción de alimentos. HACCP en la producción de alimentos. Determinación de vida útil de nuevos alimentos.

Proyectos de Investigación

Biosíntesis de poliaminas en Debaryomyces hansenii y su rol en el desarrollo larval en peces

• Código: 3200998
• Investigadora Principal: María Soledad Gutiérrez
• Fuente de financiamiento: ANID/FONDECYT Post-Doctorado
• Periodo de ejecución: 2020 - 2023
• Monto del financiamiento: $81.384.000.- (CLP)

Prediction of the metabolic state of patients suffering from an inborn error of metabolism by using gut-microbiota metagenomics along with in-silico simulated metabolic flux distributions

• Código: 3200726
• Investigador Principal: Alejandro Acevedo
• Fuente de financiamiento: ANID/FONDECYT Post-Doctorado
• Periodo de ejecución: 2020 - 2023
• Monto del financiamiento: $81.384.000.- (CLP)

Cellular homeostasis of Mycobacterium avium subsp. paratubeculosis after the application of copper ions to control this pathogen in naturally contaminated cow milk. Are we selecting more virulent strains?

• Código: 1201574
• Investigador Principal: Miguel Salgado
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2020 - 2022
• Monto del financiamiento: $169.200.000.- CLP

Non-coding RNA global transcriptional regulatory network activated by metals in Enterococcus faecalis

• Código: 1190742
• Investigador Principal: Mauricio Latorre
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2019 - 2022
• Monto del financiamiento: $223.247.000.- CLP

Role of the gut microbiota in interactions between the host, the pathogen Vibrio anguillarum and probiotic yeasts in the zebrafish larvae (Danio rerio)

• Código: 1181499
• Investigadora Principal: Paola Navarrete Wallace
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2018 - 2022
• Monto del financiamiento: $232.050.000.- CLP

Prevalence of Salmonella spp in irrigation waters in Chile

• Código:102296-Z0439201
• Investigadora Principal: Magaly Toro
• Fuente de financiamiento: University of Maryland, College Park
• Periodo de ejecución: 2018 - 2022
• Monto del financiamiento: $278.000.- USD

Efecto del cobre en la formación de biopelículas de Listeria monocytogenes

• Código: ENL12/20
• Investigadora Principal: Angélica Reyes
• Fuente de financiamiento: Fondo Central de Investigación
• Periodo de ejecución: 2020 - 2021
• Monto del financiamiento: $8.000.000.- CLP

Estandarización de prototipo para la detección y cuantificación simultánea de L. monocytogenes, Salmonella y E. coli productoras de Shiga-toxina (STEC)

• Código: 18COTE-98082
• Investigadora Principal: Angélica Reyes
• Fuente de financiamiento: CORFO INNOVA
• Periodo de ejecución: 2019 - 2021
• Monto del financiamiento: $129.600.000.-

Aplicación de cobre antimicrobiano en los empaques de carne de ave de exportación

• Código: 16PTECAE-66644
• Investigadora Principal: Angélica Reyes
• Fuente de financiamiento:CORFO INNOVA
• Periodo de ejecución: 2016 - 2021
• Monto del financiamiento: $93.000.000.-

Núcleo Milenio Biología de Microbiota Intestinal

• Código: NM_CS_18_03
• Investigadores Principales: Daniel Paredes/Fernando Gil
• Fuente de financiamiento: Iniciativa científica Milenio
• Periodo de ejecución: 2018 - 2021
• Monto del financiamiento: $150.000.000.- CLP

Autochtonous yeast for sustainable production of marine larvae

• Código: FONDEF IDEA Bietapa ID17I10247
• Investigadora Principal: Paola Navarrete
• Fuente de financiamiento: ANID
• Periodo de ejecución: 2018 - 2021
• Monto del financiamiento: $ 199.848.000.- CLP

Phylogenomic Analysis of the Chilean-Cordobes MRSA clone and contribution of heavy metal resistance in its ability to prevail in Chile

• Código: 1171805
• Investigador Principal: José Munita
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2017 - 2020
• Monto del financiamiento: $224.029.000.-

Encuesta ambientes alimentarios escolares

• Investigadora Principal: Lydia Lera
• Fuente de financiamiento: INTA
• Periodo de ejecución: 2018 - 2019

Synergistic transcriptional response of Listeria monocytogenes to low temperature and copper

• Código: 1171575
• Investigadora Principal: Angélica Reyes
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2017 - 2019
• Monto del financiamiento: $164.022.000.-

FIDA Centro de Investigación Avanzada en Alimentos para el Bienestar en el Ciclo Vital (ABCvital): un ejemplo desde los azúcares

• Fuente de financiamiento: Universidad de Chile
• Periodo de ejecución: 2017 - 2019

Obesidad y Diabetes: factores de riesgo y nuevos biomarcadores patogénicos y predictivos

• Código: 918PTE0540
• Investigador Principal: A. Cardele
• Fuente de financiamiento: ANID/Cooperación Internacional: Multilateral y vinculación
• Periodo de ejecución: 2018 - 2019
• Monto del financiamiento: $ 7.351.419.- (CLP)

Molecular epidemiology of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) through genomic analysis: Baseline study of pathogenicity and parallel evolution of STEC new clones in Chile

• Código: 11150491
• Investigadora Principal: Magaly Toro
• Fuente de financiamiento: FONDECYT
• Periodo de ejecución: 2015 - 2018
• Monto del financiamiento: $ 104.000.000.- (CLP)

Transcriptional regulation of L. monocytogenes in response to the interaction between low temperature and copper

• Código: ENL018/16
• Investigadora Principal: Angélica Reyes
• Fuente de financiamiento: Universidad de Chile, Fondo Central de Investigación
• Periodo de ejecución: 2016 - 2017
• Monto del financiamiento: $ 7.000.000.-

Early colonization of the gastrointestinal tract microbiota: the role of sporulation in the persistence of Clostridium spp. Role of butyrate producing bacteria in the modulation of intestinal inflammation

• Código: ENL018/16
• Investigadora Principal: Paola Navarrete
• Fuente de financiamiento: U-APOYA Proyectos de Enlaces ENL15-10
• Periodo de ejecución: 2016 - 2017
• Monto del financiamiento: $ 4.000.000.- (CLP)

Artículos

1. Microbiota composition and susceptibility to florfenicol and oxytetracycline of bacterial isolates from mussels (Mytilus spp.) reared on different years and distance from salmon farms. Ramírez C, Gutiérrez MS, Venegas L, Sapag C, Araya C, Caruffo M, López P, Reyes-Jara A, Toro M, González-Rocha G, Yáñez JM, Navarrete P. Environ Res. 2021 Sep 20;204(Pt B):112068. doi: 10.1016/j.envres.2021.112068. https://doi.org/10.1016/j.envres.2021.112068 
2. Cultivable Yeast Microbiota from the Marine Fish Species Genypterus chilensis and Seriolella violacea. Valderrama B, Ruiz JJ, Gutiérrez MS, Alveal K, Caruffo M, Oliva M, Flores H, Silva A, Toro M, Reyes-Jara A, Navarrete P. J Fungi (Basel). 2021 Jun 28;7(7):515. doi: 10.3390/jof7070515. https://doi.org/10.3390/jof7070515
3. Probiotic Yeasts and Vibrio anguillarum Infection Modify the Microbiome of Zebrafish Larvae. Vargas O, Gutiérrez MS, Caruffo M, Valderrama B, Medina DA, García K, Reyes-Jara A, Toro M, Feijóo CG, Navarrete P. Front Microbiol. 2021 Jun 23;12:647977. doi: 10.3389/fmicb.2021.647977. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.647977 
4. GalaxyTrakr: A Distributed Analysis Tool for Public Health Whole Genome Sequence Data Accessible to Non-Bioinformaticians. Jayanthi Gangiredla; Hugh Ran; Daniel Benisatto; Justin Payne; Charles Strittmatter; Jimmy Sanders; William J Wolfgang; Kevin Libuit; James B Herrick; Melanie Prarat; Magaly Toro; Thomas Farrell; Errol Strain. “”. BMC Genomics. https://doi.org/10.1186/s12864-021-07405-8 
5. Whole genome phylogenetic analysis reveals wide diversity of non-O157 STEC isolated from ground beef and cattle feces in Chile. Sebastián Gutiérrez, Leonela Díaz, Angélica Reyes-Jara, Xun Yang, Jianghong Meng, Narjol González-Escalona, Magaly Toro. “”. Front. Microbiol., 2021. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.62266
6. Distribution of locus of adhesion and autoaggregation and hes gene in STEC strains from countries of Latin America. María Victoria Vélez, Rocio Colello, Analía Etcheverría, Roberto Vidal, David Montero, Patricia Acuña, Rosa Guillen Fretes, Magaly Toro, Nora Padola Curr Microbiol. https://doi.org/10.1007/s00284-020-02062-8
7. The Firmicutes/Bacteroidetes Ratio: A Relevant Marker of Gut Dysbiosis in Obese Patients? Magne F, Gotteland M, Gauthier L, Zazueta A, Pesoa S, Navarrete P, Balamurugan R. Nutrients. https://doi.org/10.3390/nu12051474
8. Intestinal Inflammation Induced by Soybean Meal Ingestion Increases Intestinal Permeability and Neutrophil Turnover Independently of Microbiota in Zebrafish.Solis CJ, Hamilton MK, Caruffo M, Garcia-Lopez JP, Navarrete P, Guillemin K, Feijoo CG. Frontiers in Immunology. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.01330
9. Dissemination of a clonal qnr B19-Carrying plasmid in multiple unrelated Salmonella serotypes isolated from different sources
10. Andrea I Moreno Switt, Dácil Rivera, Patricio Retamal, Paola Navarrete, Angélica Reyes-Jara, Magaly Toro. Frontiers in Microbiology doi:10.3389/fmicb.2019.02503
11. Antimicrobial resistance in E. coli isolated from dairy calves and bedding material in southern Chile. Francisco Astorga, María J. Navarrete-Talloni, María P. Miró, Verónica Bravo, Magaly Toro, Carlos Blondel, Luis P. Hervé-Claude. Heliyon. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2019.e02773
12. The combined effect of cold and copper stresses on the proliferation and transcriptional response of Listeria monocytogenes. Ana María Quesille-Villalobos, Ángel Parra, Felipe Maza, Paola Navarrete, Mauricio González, Mauricio Alejandro Latorre, Magaly Toro and Angélica Reyes-Jara. Frontiers in Microbiology. doi:10.3389/fmicb.2019.00612
13. Transduction as a Potential Dissemination Mechanism of a Clonal qnrB19-Carrying plasmid isolated from Salmonella of Multiple Serotypes and Isolation Sources. Moreno-Switt AI, Pezoa D, Sepúlveda V, González I, Rivera D, Retamal P, Navarrete P, Reyes-Jara A, Toro M.
14. Front Microbiol. doi: 10.3389/fmicb.2019.02503
15. Whole Genome Sequence, Variant Discovery and Annotation in Mapuche-Huilliche Native South Americans. Vidal EA, Moyano TC, Bustos BI, Pérez-Palma E, Moraga C, Riveras E, Montecinos A, Azócar L, Soto DC, Vidal M, Di Genova A, Puschel K, Nürnberg P, Buch S, Hampe J, Allende ML, Cambiazo V, González M, Hodar C, Montecino M, Muñoz-Espinoza C,Orellana A, Reyes-Jara A, Travisany D, Vizoso P, Moraga M, Eyheramendy S, MaassA, De Ferrari GV, Miquel JF, Gutiérrez RA. Sci Rep. doi: 10.1038/s41598-019-39391-z.
16. Protective Effect of an Avocado Peel Polyphenolic Extract Rich in Proanthocyanidins on the Alterations of Colonic Homeostasis Induced by a High-Protein Diet. Cires MJ, Navarrete P, Pastene E, Carrasco-Pozo C, Valenzuela R, Medina DA, Andriamihaja M, Beaumont M, Blachier F, Gotteland. M JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY https://doi.org/10.1021/acs.jafc.9b03905
17. Effect of a proanthocyanidin-rich polyphenol extract from avocado on the production of amino acid-derived bacterial metabolites and microbiota composition in rats fed a high-protein diet. Cires MJ, Navarrete P, Pastene E, CarrascoPozo C, Valenzuela R, Medina D, Andriamihaja M, Beaumont M, Blachier F and Gotteland M. Food & Function https://doi.org/10.1039/C9FO00700H
18. Conservation of Small Regulatory RNAs in Vibrio parahaemolyticus: Possible role of RNA-OUT Encoded by the Pathogenicity Island (VPaI-7) of Pandemic Strains. Plaza N, Pérez-Reytor D, Ramírez-Araya S, Pavón A, Corsini G, Loyola D, Jaña V, Pavéz L, Navarrete P, Bastías R, Castillo D, García K. International Journal of Molecular Sciences. https://doi.org/10.3390/ijms20112827